הגיע היום (ג') לבית המשפט העליון בציפייה לזיכוי, אך הרשעתו בלקיחת שוחד נותרה על כנה. תחת זאת, עונש המאסר שנגזר עליו הומר בשישה חודשי עבודות שירות בלבד. זאת נוכח מצבו הרפואי המעורער.
לאחר ההכרעה אמר לופוליאנסקי: "אני מודה לשם יתברך על כל הטוב אשר גמלנו. אני מודה לעורכי הדין הנכבדים, יאיר גולן ונחשון שוחט. אני מודה לכל עם ישראל שנתן לי אהבה גדולה, למשפחתי הטובה ומודה בעזרת השם שאמשיך לעשות שירות למען העם. אני מתפלא על דברים מסוייים, אני מצר על חברים שצריכים ללכת למאסר ואני מקווה בעזרת השם להמשיך את השירות של העם כפי שעשיתי במשך 40 שנה, להמשיך לעזור ולסייע לכל מי שנזקק".
בדיון שנערך בעבר בבית המשפט העליון הסכימה המדינה להפחית את עונשושל לופוליאנסקי לארבע שנות מאסר, אף שנגזרו עליו שש שנים בבית המשפט המחוזי. כעת הומתק עונשו עוד יותר. פסק הדין של לופוליאנסקי ניתן בבית המשפט העליון שהכריע בעניינם של כל המעורבים בפרשת הולילנד, בהם גם ראש הממשלה לשעבר אהוד אולמרט. עונשו של אולמרט הומתק - ונקבע מחדש על 18 חודשי מאסר בפועל נוכח עבירת השוחד שבה הורשע.
לופוליאנסקי הורשע בכמה סעיפים של לקיחת שוחד, כיוון שקיבל כספים מעד המדינה עבור ארגון "יד שרה"שייסד ועמד בראשו. בגזר הדין קבע השופט דוד רוזן מבית המשפט המחוזי בתל אביב כי "גם משלא נטל כספי שוחד לכיסו, כספי השוחד שימשו להעצמתו והגדלת כוחו והשפעתו". השופט כיוון לכך שאמנם כספי השוחד שקיבל לופוליאנסקי לא הגיעו ישירות לכיסו, אולם תרמו לו והיו "יקרים עבורו ומסולאים בפז".
מצבו הרפואי הרעוע של לופוליאנסקי השפיע על ההכרעה, אף שהשב"ס טען כי ניתן לכלוא אותו, תוך התאמות מיוחדות.
לופוליאנסקי החליף את אהוד אולמרט בראשות עיריית ירושלים. בגזר הדין שניתן בבית המשפט המחוזי במאי 2014, ציין השופט דוד רוזן "את החמלה הקיימת את מול המורכבות שבעניינו". מנגד, סנגוריו של לופוליאנסקי ציינו כי "הבאנו את אחת המומחים בעולם שאמרה דברים חד-משמעיים לגבי הסכנה לחייו של לופוליאנסקי בתנאי בית סוהר - דברים שנתמכו בדבריה של קצינת הרפואה הראשית של שב"ס שאמרה לפני שנתיים שהמתקנים מועדים לזיהומים".